病毒具有各自偏好的復制位置，疫苗接種途徑應根據這些偏好進行調整。因為包括疫苗株在內的傳染性支氣管炎病毒易于在呼吸道粘膜中復制，所以傳支活疫苗的接種方法是點眼或噴霧。此外疫苗效力會受到免疫操作質量的極大影響，這一點同樣重要。要知道所有可選擇的方法都有其優點和局限性，獸藥公司在使用前要加以考慮。

點眼

以點眼的方式被認為是使用傳統呼吸道病活疫苗最有效的方法，因為它是對每只雞單獨接種的。然而，點眼需要大量的人工操作，從而比群體疫苗接種要慢得多。因此，滴眼往往局限于小規模雞群或勞動力方便又便宜的區域。

在通過點眼方式接種傳支疫苗后，疫苗首先會刺激哈德氏腺（HG），然后進入鼻 - 淚管中再向下進入雞的口腔。接著疫苗會被吞入消化道或吸入呼吸道，進一步刺激呼吸道的免疫細胞。哈德氏腺和鼻腔粘膜將產生能夠中和IB病毒的局部抗體（IgA）。

接種時應該注意確保疫苗溶液不要從眼睛上滾落。因此操作者要小心地保護雞只，在雞通過眨眼使得液滴消失之前不要放開它。這對于疫苗接種的成功至關重要。為了驗證免疫操作是否正確和疫苗的覆蓋率，可以在稀釋中混入藍色染料，以便將雞的舌頭染色。對5％的雞進行檢查以了解雞群疫苗接種質量。

噴霧免疫

以噴霧的方式接種疫苗可以在孵化場或農場進行。在孵化場，箱式噴霧器是最常用的IB免疫設備。這種設備也可用于其他呼吸道疫苗，如ND或禽偏肺病毒疫苗。然而，現在出現了使用扁平噴嘴，產生均勻液滴而且在雛雞盒分布更好的噴霧器。這種噴霧器正在取代傳統的箱式噴霧器。如果要在農場噴霧，可以買到用于粗噴、細噴甚至霧化的便攜式噴霧設備。

在免疫操作正確的前提下，噴霧被認為是一種針對IB非常有效的群體免疫方法。因為噴霧免疫會誘導上呼吸道的局部免疫，從而預防或減少粘膜表面的感染并進而阻止病毒侵入全身組織。由于呼吸道是IBV的主要入口，這種快速局部免疫機制構成了抵御感染的首道防線。

然而，噴霧接種有其自身的缺點，例如接種后的副反應，特別是當使用毒力較強的疫苗株和/或非常小的霧滴的時候。另一個關鍵點與疫苗對雞群的覆蓋率有關（有效接種疫苗的雞的比例）。如果覆蓋率很低，可能會發生滾動感染，結果是疫苗接種后發生很強的副反應。當對多層籠養雞中的中間層進行噴霧免疫時，很容易出現覆蓋率不良的問題。

確保適當疫苗覆蓋率的另一個關鍵點是將雞集中于雞舍的一定區域內。如果不采取這一措施，噴出的疫苗溶液將落在地面上而不會刺激免疫系統。

飲水免疫

飲水免疫可能是家禽業最常用的免疫方法，因為人們普遍認為這種免疫方式省時省力且易于操作。然而，飲水免疫具有明顯的缺點。很多因素都可能會導致IBV被滅活，包括水中的雜質、洗滌劑和消毒劑，環境溫度過高等。甚至用于飲水的管道和容器材料（例如金屬）都可能會滅活IBV。

此外，疫苗溶液的均勻分布，足夠的水位和正確的飲水時間對于達成可接受的飲水免疫結果都是必不可少的。但是，這些條件并不容易實現。Banhidi（2012）曾使用藍色的氯中和劑來跟蹤監測通過飲水免疫有效接種的肉雞的比例，獸藥公司其結論是：27％的雞根本沒有喝到疫苗溶液。

獸藥公司為了監測并改進飲水免疫的質量，可以在飲水免疫時使用免疫寶。免疫寶中含有藍色染料和硫代硫酸鈉，前者用于監測免疫質量，后者用于中和水中的殘余氯。最后，必須記住，飲水免疫不是傳支的免疫方法。因為傳支病毒相當脆弱，而且飲水免疫也不是誘導必要的粘膜免疫和細胞免疫的途徑。